Кавун має стрижневий корінь, що проникає в грунт на глибину до 1 м. Від головного кореня відходить 15, а іноді і більше бічних коренів, які також розгалужуються на більш тонкі коріння. Таким чином, у орному шарі ґрунту на глибині 15-30 см утворюється потужна коренева система, яка охоплює до 7-10 м3 ґрунту.
