Лікування першої стадії хвороби — пентамідин, сурамін. Лікування на другій стадії – ефлорнітин або комбінація ніфуртимоксу та ефлорнітину для випадків, що викликаються T.b.g. Хоча меларсопрол ефективний проти обох типів паразитів, його зазвичай використовують лише проти T.b.r. через тяжкі побічні ефекти.
