БЕ виникає через мутації в генах, що кодують білки різних шарів шкіри. Залежно від того, в якому шарі утворюються бульбашки, БЕ поділяють на чотири типи. У простій форми мішенню є білки верхніх шарів епідермісу, кератини, плакофілін-1, десмоплактин та інші.
