На відміну від рослин, до складу пігментів яких входить як хлорофіл а, так і хлорофіл b, синьо-зелені водорості містять тільки хлорофілу, що забезпечує поглинання світла до 750 нм. Крім того, до пігментів синьо-зелених відносяться фікобіліни (блакитний – фікоціан і червоний – фікоеритрин) і каротиноїди.
