Рута запашна — напівчагарник, має сильний аромат, досягає у висоту 50—100 см. Стебло прямостояче, розгалужене, дерев'янисте біля основи. Листя – чергове, подовжено-яйцевидне, двічі або тричі перисто-розсічені, короткочерешкові (верхні – сидячі), м'ясисті, блакитно-зелені.
