Як уже зазначалося, цвітіння водойм викликає масову загибель риби, водних ссавців, а також рослинності на дні. Деякі види водоростей виділяють токсини в процесі зростання, інші розкладаються з утворенням отруйних речовин, і така вода стає непридатною для пиття та купання.
