Цвіте джаботикабу зазвичай двічі на рік – у травні та вересні. Білі квітки мають чотири великі пелюстки, а всередині розташовано близько 60-70 довгих тичинок. Для жаботикаби характерне явище кауліфлорії, коли квіти та плоди ростуть прямо на основних великих гілках дерева та його стовбурі.
