У кінці Ігри відбувається Над-викид. всі сталкери в зоні як би перетворюються на зомбі і просто лежать у будівлі. Вони позбавлені спогадів і їм наказують знайти та вбити Стрілка. Але обладнання помилилося – Стрілець вже знаходиться серед сталкерів.
S.T.A.L.K.E.R.: Чисте Небо – єдина гра в серії, в якій є лише один варіант кінцівки. Можливо, це пов'язано з тим, що «Чисте Небо» є передісторією гри S.T.A.L.K.E.R.: Тінь Чорнобиля.
У ЗП Стрілець може розповісти Дегтяреву після того, як той віддасть йому три записки групи Стрілка, про те, що Ікла вбили найманці. Стає остаточно ясно: на Ікла і Привида напали двоє вільних сталкерів і найманець – це сказано ще на флешці Стрілка в ТЧ – причому Ікло точно загинув від рук невідомого найманця.