Цеоліти зазвичай застосовують у медицині для детоксикації, особливо важких металів. Вони також широко використовуються для лікування шлунково-кишкових проблем, особливо діареї, виразки та інших захворювань шлунка. Цеоліти були використані також у лікуванні діабету.
