Молекула майтотоксину складається з 32 конденсованих кілець, містить 28 гідроксильних і 22 метильні групи, а також 2 ефіри сірчаної кислоти. Крім того, у ній є 98 хіральних центрів. Все це робить завдання виконання повного хімічного синтезу майтотоксину виключно складною.
