22 травня 1857 року Пущин одружився з Наталією Дмитрівною Апухтіною, вдовою декабриста Михайла Олександровича Фонвізіна. Останні роки життя Пущин провів у маєтку дружини Мар'їно у Бронницях, де й помер. Похований він був там-таки, біля стін собору Михайла Архангела в сімейній усипальниці Фонвізіних.
