У стоматології хлоргексидин призначають при стоматитах, гінгівітах, запаленнях у ротовій порожнині – щоб придушити діяльність патогенної мікрофлори та попередити подальший розвиток інфекції. Звичайно, для різних цілей засіб використовують у різній концентрації.