Для виявлення та дослідження мікроорганізмів застосовують мікроскопи.
Мікроскоп (др. -грец. μικρός «маленький» + σκοπέω «дивлюся») — прилад, призначений для отримання збільшених зображень, а також вимірювання об'єктів або деталей структури, невидимих або погано видимих неозброєним оком.
Мікроскоп – це оптичний прилад, що дозволяє отримати зворотне зображення досліджуваного об'єкта та розглянути дрібні деталі його будови, розміри яких лежать за межами роздільної здатності ока. Роздільна здатність мікроскопа дає роздільне зображення двох близьких одна одній ліній.
Мікроскопічний метод дослідження дозволяє вивчити, в першу чергу, морфологічні та тинкторіальні властивості мікроорганізмів, тобто їх розмір, форму, взаємне розташування, наявність спор, капсул, джгутиків, клітинних включень, фарбування бактерій різними методами, їх кислотостійкість.