Якщо хворий навіть не помітив факт укусу кліща, він навіть не дізнається, що перехворів на кліщовий енцефаліт. Менінгеальна форма проходить важче, але здебільшого виліковується без важких наслідків здоров'ю. У решті випадків одужання залежить від тяжкості перебігу захворювання.