Запалення при хворобі Крона розвивається на слизовій оболонці та під нею. Гранулематозне ураження може розвинутися на будь-якій ділянці, улюблена локалізація – тонкий кишечник, а саме клубова кишка. Поразка кишечника починається із запалення складок (крипт), у яких формуються невеликі «гнійники».
