Конфлікти злиття можна вирішувати тільки в GitHub, викликаних конкуруючими змінами рядків, наприклад, при внесенні різних змін в один рядок одного файлу в різних гілках репозиторії Git. Інші типи конфліктів злиття необхідно вирішити локально у командному рядку.