Молекули, як і атоми, немає чітких кордонів. Якщо уявити молекулу як кульки, її радіус має значення від 0,1 нм у найпростіших до 100 нм у складних молекул, які з кількох тисяч атомів. Наприклад, оцінний діаметр молекули водню становить 0,2 нм, а діаметр молекули води – 0,3 нм.
