Аутоімунний протокол передбачає відмову від глютену, молока та рафінованого цукру. Передбачається елімінація харчових груп, включаючи зернові, бобові, пасльонові, молочні продукти, яйця, кава, алкоголь, горіхи та насіння, рафіновані/оброблені цукру, олії та харчові добавки.