Рута запашна містить і алкалоїди, і ефірні олії, що у рослинному світі зустрічається рідко. Свіжий сік рослини отруйний – у поєднанні з впливом сонця він викликає сильні опіки. Молоде листя рути запашної використовується як приправа – їх пряний аромат схожий на запах цибулі і часнику.
