Вважається, що X- і Y-хромосоми походять від пари ідентичних хромосом, коли у стародавніх ссавців виник ген, один з алелів (один з різновидів) якого приводив до розвитку чоловічого організму. Хромосоми, які несуть цей аллель, стали Y-хромосомами, а друга хромосома у цій парі стала X-хромосомою.
