Інкубаційний період при зараженні через укус кліща триває 5 – 25 днів, у середньому 1 – 2 тижні. При харчовому зараженні скорочується до 3 днів. Хоча є випадки коли інкубаційний період становив 1 день або навіть 40 днів. Симптоми кліщового енцефаліту дуже різноманітні, їхнє поєднання залежить від форми хвороби.
