Мікроорганізми ґрунту фіксують азот з повітря (близько 100 млн т щорічно), утворюють гумус ґрунту та вивільняють поживні речовини для рослин, виконують санітарну функцію ґрунту.
Мікроби в грунті можуть фіксувати атмосферний азот, перетворюючи його на доступні для інших живих істот сполуки. Мікроби можуть, навпаки, руйнувати азотовмісні сполуки, повертаючи в атмосферу молекулярний азот та оксиди азоту. Те саме з вуглецем.
Функції мікрофлори ґрунти Ґрунтова мікрофлора розкладає органічні субстанції та розробляє цінні форми гумусу у глибинних шарах землі. Життєві процеси в грунті грають ключову роль для її будови, родючості, росту та розвитку рослин.
Патогенні мікроорганізми потрапляють у ґрунт з виділеннями людей, як здорових, і хворих, стічними водами, трупами людей і тварин. Грунт відома як фактор передачі збудників інфекції та в деяких випадках може стати джерелом небезпеки поширення небезпечних захворювань.