Бактерії відрізняються від усіх клітинних організмів тим, що в їхніх клітинах немає оформленого ядра: Ядерна речовина (хромосома) розташовується в цитоплазмі і не відокремлена від неї оболонкою.
Наразі відомо, що бактерії, на відміну від рослин та інших еукаріотів, не мають оформленого ядра і, як правило, мембранних органел.
Бактеріальна клітина складається з клітинної стінки, цитоплазматичної мембрани, цитоплазми з включеннями та ядерного апарату, званого нуклеоїдом. Є інші структури: мезосома, хроматофори, тилакоїди, вакуолі, включення полісахаридів, жирові крапельки, капсула (мікрокапсула, слиз), джгутики, пили.
Бактерії є прокаріотичними організмами, отже, що у них відсутні мембранні органоїди, крім рибосом.