Для забезпечення інформаційної безпеки біометричних даних користувачів системи реалізовано розподілене зберігання даних: біометричний шаблон зберігається у знеособленій формі окремо від персональних даних – Ф. І. О., паспортні дані, СНІЛЗ та ін., включених до баз ЕСІА (портал Держпослуг).
Інформація зберігається у закритих системах, доступ до яких обмежений. Наприклад, біометричні дані для віддаленої ідентифікації захищені криптографією та зберігаються знеособлено. Збір біометричних даних допускається лише за згодою людини.
зображення та дані голоси збирають держоргани та банки для ведення єдиної біометричної системи (ст. 14.1 Закону «Про інформацію, інформаційні технології та захист інформації» від 27.07.2006 № 149-ФЗ, Постанова Уряду РФ від 30.06.2018 № 772, Наказ Мінцифри РФ від 10.09.2021 № 930).
Громадянин може деактивувати свої біометричні дані в будь-який момент. Для цього йому потрібно зайти у свій профіль в особистому кабінеті на Держпослугах, вибрати блокБіометрія» та натиснути на «Вимкнути».