Молекули, як і атоми, немає чітких кордонів. Якщо уявити молекулу як кульки, її радіус має значення від 0,1 нм у найпростіших до 100 нм у складних молекул, що складаються з кількох тисяч атомів.. Наприклад, оцінний діаметр молекули водню становить 0,2 нм, а діаметр молекули води – 0,3 нм.
Визначення діаметра молекули. Будемо вважати, що крапля олії розтікається по воді доти, доки товщина масляної плівки не стане рівною одній молекулітоді діаметр однієї молекули можна визначити за формулою: d=V/S, де V – обсяг краплі олії, S – площа масляної плями.
Маса молекул Вона дорівнює відношенню молярної маси до Авогадро. Наприклад, знаючи, що молярна маса води дорівнює $1.8×10^{-2}$ кг, можна обчислити, що маса молекули води становить $3×10^{-26}$ кг.
Щоб знайти масу однієї молекулитреба молярну масу розділити на число Авогадро, приблизно буде 2,99 * 10 мінус 23 ступеня грама.