Порушення менструального циклу, збої в імунній системі, безсимптомні інфекційні захворювання, зміни в маткових трубах та ін. не дають ембріону прикріпитися до стінки матки. Репродуктивна система сповільнюється до 40-45 років і є ще однією причиною невдалого ЕКЗ у природному циклі.
Перше невдале ЕКО може бути наслідком недостатньо якості використовуваного біоматеріалу під час процедури: низька якість ооцитів та сперматозоїдів; недостатня життєздатність ембріонів; Хромосомні захворювання.
Причини можуть бути різними. Найчастішими є такі: Непідготовленість внутрішнього шару матки, куди має імплантуватися ембріон. Якщо ендометрій тонкий, або у ньому недостатньо розвинені залози, тобто не сталося секреторної трансформації, то запліднена яйцеклітина не може "зачепитися".
Що впливає на результативність ЕКО вік пацієнтів – ЕКО у жінок до 35 років найчастіше дає високий результат; причина та тривалість безплідності; стан ендометрію перед перенесенням ембріонів; кількість та якість ембріонів, отриманих на ембріологічному етапі ЕКО.