Сіндзі, злившись з усіма душами світу, знову розглядає власне життя, осмислює її та свої бажання. Цього разу йому допомагають його мати, душа якої перебувала у Єві-01, Рей та Каору. Зрештою Сіндзі розуміє, що навіть у болю не можна завжди ховатися від людей.
Розуміючи, що Євангеліон: Модуль-01 вирвався з ГеоФронту, Гендо каже Рей, що єдиний спосіб знову побачити Юї – це заборонений союз Адама та Ліліт. Він вставляє свою праву руку (у якій був Адам) у тіло Рей, щоб ініціювати вдосконалення. Тим часом, Сіндзі продовжує кричати після смерті Аскі.
Виявляється, людське життя походить від рівного Адаму джерела життя, відомого як Ліліт, і що потомство Адама виявилося лише «людьми, які відмовилися від людського образу», що означає, що люди й Ангели — одне й те саме, але, не дивлячись на це , співіснувати разом вони не можуть.
Огляд Кодзо Фуюцукі викрадений і доставлений на допит Seele, який злякався результатами останньої зустрічі з Ангелом. Він розповідає про своє минуле, надаючи спогади про створення Nerv. Також розкривається минуле Місато Кацурагі, Ріцуко Акагі, Рей Аянамі та Юі Ікарі.