В організмі через чужорідні агенти постійно утворюються внутрішні чужорідні речовини, в процесі мутації соматичних клітин. Таким чином, внутрішнє середовище забезпечує реалізацію механізмів захисту, від мікроорганізмів та екзогенних чужорідних речовин, та від чужорідних речовин та клітин ендогенного походження.
